Doanh nghiệp nộp dư thuế không được hoàn, còn bị xử phạt, Bộ Tài chính nói gì?

Trong thắc mắc gửi đến Bộ Tài chính, Công ty TNHH Thuận Hoàng cho biết trong năm 2024, doanh nghiệp phát sinh nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) như sau:

- 1,1 tỷ đồng thuế TNDN trong lĩnh vực sản xuất kinh doanh (tiểu mục 1052).

- 2 tỷ đồng thuế TNDN trong lĩnh vực chuyển nhượng bất động sản (tiểu mục 1053).

Tuy nhiên, do sơ suất, kế toán đã nộp toàn bộ 3,3 tỷ đồng vào tiểu mục 1052. Đến tháng 4/2025, khi đối chiếu với cơ quan thuế, doanh nghiệp phát hiện sai sót và có văn bản gửi Chi cục Thuế Thuận An (Bình Dương) xin chuyển 2 tỷ đồng từ tiểu mục 1052 sang tiểu mục 1053 để khớp với tờ khai quyết toán thuế TNDN.

Doanh nghiệp cho rằng, theo tờ khai quyết toán thuế TNDN năm 2024, hiện họ còn nộp dư 200 triệu đồng. Tuy nhiên, Chi cục Thuế Thuận An không chấp nhận điều chỉnh và xử phạt doanh nghiệp hơn 50 triệu đồng tiền chậm nộp.

Công ty nêu rõ: “Xét thấy cùng một tờ khai quyết toán TNDN, chỉ khác phần tiểu mục nộp thuế mà doanh nghiệp phải đóng phạt chậm nộp thì có phù hợp không? Doanh nghiệp rất bất bình và không hiểu tại sao nộp thuế dư thì không được gì, nhưng sai tiểu mục lại bị phạt chậm nộp.”

Trước thắc mắc này, Bộ Tài chính có giải đáp như sau:

Căn cứ tại điểm a, điểm b Khoản 2 Điều 69 Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29.9.2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19.10.2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế:

“Điều 69. Cung cấp, xử lý sai, sót, tra soát, điều chỉnh thông tin

2. Trường hợp sai, sót, tra soát, điều chỉnh thông tin thu, nộp ngân sách nhà nước (sau đây gọi chung là tra soát)

a) Người nộp thuế phát hiện thông tin đã ghi nhận trong hệ thống ứng dụng quản lý thuế của ngành thuế do cơ quan thuế cung cấp định kỳ theo quy định tại khoản 1 Điều này có sai sót thì người nộp thuế gửi văn bản đề nghị tra soát.

b) Người nộp thuế phát hiện thông tin đã khai trên chứng từ nộp ngân sách nhà nước không chính xác. Người nộp thuế được đề nghị điều chỉnh các chứng từ nộp ngân sách đã lập trong các điều kiện sau:

b.1) Chứng từ nộp ngân sách nhà nước có sai sót về nội dung định danh vào mã số thuế, số tài khoản, chương, loại, khoản, mục, tiểu mục.

b.2) Không đề nghị điều chỉnh thông tin về số tiền, nội dung kinh tế, loại tiền trên chứng từ.

b.3) Không thuộc trường hợp cơ quan quản lý thu đã ban hành văn bản đề nghị bù trừ khoản nộp thừa vào khoản nợ thuế theo quy định tại khoản 4 Điều 42 Thông tư này.

Trường hợp nộp thừa tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt thì được xử lý theo quy định tại Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13.6.2019”.

Ngoài ra, Khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định:

“Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của kỳ tiếp theo, hoặc được hoàn trả nếu không còn nợ…”.

Tiếp đó, Khoản 1, Khoản 2, Khoản 3 Điều 25 Thông tư 80/2021/TT-BTC hướng dẫn cụ thể về hoàn trả, bù trừ khoản nộp thừa; và cách xác định khoản nộp thừa sau khi kê khai, quyết toán.

Cơ quan Thuế đề nghị công ty liên hệ với cơ quan thuế để đối chiếu tình hình thu nộp và tính lại tiền chậm nộp.