Có chứng từ vẫn không được khấu trừ thuế: 'Bộ Tài chính cần nhanh chóng gỡ khó'

Thời gian gần đây, nhiều doanh nghiệp kiến nghị liên quan khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào tới cơ quan thuế các địa phương như TP.HCM, Ninh Bình, Vĩnh Long.

Không hướng dẫn thống nhất, doanh nghiệp sẽ thiệt hại lớn

Vấn đề chung các doanh nghiệp gặp phải là, đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên, đến thời điểm thanh toán tiền mua hàng hóa, dịch vụ theo hợp đồng, doanh nghiệp vẫn không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt nên không đủ điều kiện được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.

ẢNH: NGỌC THẮNG

Doanh nghiệp đã tiến hành kê khai điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt vào kỳ tính thuế phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng.

Tuy nhiên, sau thời hạn thanh toán ghi trong hợp đồng, dù doanh nghiệp có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, cơ quan thuế vẫn trả lời, doanh nghiệp không được kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.

Cơ sở để thuế các địa phương dựa vào và đưa ra câu trả lời cho doanh nghiệp là điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP.

Xung quanh vướng mắc này, ông Nguyễn Văn Thức, Chủ tịch Công ty TNHH tư vấn thuế BCTC, cho biết đã gửi kiến nghị tới Bộ Tài chính qua dịch vụ công quốc gia từ ngày 25.9 nhưng tới hôm nay (27.10) chưa nhận được câu trả lời.

Ông Thức phân tích, điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định: "Trường hợp đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, phụ lục hợp đồng, cơ sở kinh doanh không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ...".

Như vậy, quy định chỉ yêu cầu điều chỉnh giảm khi "chưa có chứng từ thanh toán", chứ không quy định rằng nếu sau đó có chứng từ thì vẫn không được khấu trừ lại.

"Nghị định 181/2025/NĐ-CP không hề cấm, hay nói rõ không được khấu trừ. Hàng hóa đã giao, hóa đơn đã lập, thuế giá trị gia tăng đầu ra đã nộp đầy đủ. Việc thanh toán chỉ chậm hơn so với thỏa thuận, không có yếu tố gian lận thuế hay thay đổi giá trị giao dịch. Bởi vậy, không cho doanh nghiệp khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào khi thanh toán chậm so với hợp đồng là chưa thỏa đáng", ông Thức nói.

Vị chuyên gia viện dẫn: điều 12 luật Thuế giá trị gia tăng 2008 (sửa đổi, bổ sung 2013, 2016, 2022) quy định: "Cơ sở kinh doanh được khấu trừ toàn bộ thuế giá trị gia tăng đầu vào ... nếu có hóa đơn, chứng từ hợp pháp và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định". Như vậy, luật chỉ yêu cầu có chứng từ hợp lệ, không bắt buộc tại thời điểm cố định.

Còn theo luật Quản lý thuế 2019, người nộp thuế được khai bổ sung hồ sơ thuế trong thời hạn 10 năm khi có sai sót, kể cả điều chỉnh tăng hoặc giảm nghĩa vụ thuế.

"Tóm lại, Nghị định 181/2025/NĐ-CP không cấm việc khấu trừ lại. Luật Thuế giá trị gia tăng và luật Quản lý thuế cho phép khai bổ sung khi có đủ chứng từ.

Bản chất quy định nhằm chống gian lận, không nhằm tước quyền khấu trừ vĩnh viễn của doanh nghiệp có giao dịch thật và chứng từ hợp pháp. Nếu không hướng dẫn thống nhất thì kế toán, doanh nghiệp sẽ hoang mang, doanh nghiệp sẽ thiệt hại rất lớn", ông Thức nhấn mạnh.

"Bộ Tài chính cần nhanh chóng gỡ khó"

Chuyên gia thuế Nguyễn Ngọc Tú (Trường đại học Kinh doanh và Công nghệ Hà Nội) cũng cho rằng, trong câu chuyện này, quy định, hướng dẫn không rõ ràng dẫn tới doanh nghiệp lẫn đơn vị thừa hành như thuế ở địa phương cùng gặp vướng.

ẢNH: NGỌC THẠCH

Việc thanh toán chậm theo hợp đồng hoặc phụ lục hợp đồng rất phổ biến. Chính sách thuế và các chính sách khác phải tạo điều kiện cho doanh nghiệp. Miễn là đúng bản chất vấn đề, doanh nghiệp không sử dụng chứng từ giả, không dùng tiểu xảo để khiến ngân sách thất thu.

Cả luật và Nghị định 181/2025/NĐ-CP đều không có bất kỳ điều khoản nào cấm, hạn chế việc doanh nghiệp được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào nếu đầy đủ chứng từ.

Với các trường hợp phát sinh trong thực tiễn, nếu cảm thấy chưa rõ ràng, cơ quan thuế địa phương cần báo cáo Cục Thuế, Cục Thuế tổng hợp để báo cáo Bộ Tài chính có hướng giải quyết.

Nhìn nhận khó khăn, vướng mắc trong khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào là vấn đề diện rộng, theo ông Tú: "Bộ Tài chính cần nhanh chóng đưa ra hướng dẫn thống nhất nhằm gỡ khó cho doanh nghiệp. Nếu không sửa đổi, bổ sung vào thông tư thì phải có một văn bản chỉ đạo chung".