Trong văn bản đề nghị thực hiện dự án đầu tư cùng hồ sơ đề xuất dự án tuyến đường sắt đô thị kết nối trung tâm TP.HCM - Cần Giờ đã gửi Sở Tài chính thẩm định và trình UBND TP xem xét, quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư, VinSpeed dự kiến xây dựng tuyến có điểm đầu đặt tại phường Tân Thuận (quận 7 cũ) và điểm kết thúc tại xã Cần Giờ .

Phối cảnh khu đô thị lấn biển Cần Giờ - điểm kết nối trực tiếp của tuyến đường sắt đô thị cao tốc chạy từ trung tâm TP.HCM
Tuy nhiên, trong quá trình nghiên cứu, VinSpeed nhận thấy việc đặt điểm đầu tuyến tại phường Tân Thuận sẽ dẫn đến một số khó khăn. Đồng thời, trên cơ sở nghiên cứu, tiếp thu ý kiến của các thành viên Hội đồng thẩm định về việc kết nối tuyến đường sắt trung tâm TP.HCM - Cần Giờ với các tuyến đường sắt khác của thành phố, Công ty VinSpeed đề xuất thành phố điều chỉnh lại phương án như sau:
Điểm đầu tuyến được bắt đầu tại khu vực trước của chợ Bến Thành (thay vì tại phường Tân Thuận) và kết nối với tuyến đường sắt số 1 Bến Thành - Suối Tiên; điểm kết thúc tại xã Cần Giờ , không thay đổi so với đề xuất trước đây.
Theo UBND TP.HCM, Sở Văn hóa và Thể thao sau khi xem xét phương án, đã cho ý kiến rằng điểm đầu tuyến nằm tại khu vực phía trước chợ Bến Thành (công trình di tích), trụ sở Hỏa xa (công trình di tích thuộc Danh mục kiểm kê), Bảo tàng Mỹ thuật trên đường Phó Đức Chính (công trình di tích) nên đề nghị nhà đầu tư và các đơn vị liên quan phải có giải pháp đảm bảo an toàn tuyệt đối cho các công trình di tích nêu trên. Đặc biệt là công trình di tích Bảo tàng Mỹ thuật.
Các đơn vị cũng phải chịu hoàn toàn trách nhiệm trong trường hợp công trình di tích Bảo tàng Mỹ thuật, chợ Bến Thành, trụ sở Hỏa xa bị sụp, nghiêng, nứt… trong quá trình thi công xây dựng công trình.
Tiếp thu ý kiến từ Sở Văn hóa và Thể thao, nhà đầu tư đã điều chỉnh hướng tuyến để đảm bảo không ảnh hưởng đến các di tích trên địa bàn.
Cụ thể, đề xuất điểm đầu dự án nằm trong công viên 23 Tháng 9. Tuyến sẽ đi dọc trong khu đất công viên song song với đường Lê Lai, đến đường Nguyễn Thái Học tuyến chuyển hướng đi dọc theo đường Ký Con, vượt qua rạch Bến Nghé. Sau khi vượt qua rạch Bến Nghé, tuyến chuyển hướng đông bắc đi vào đường Hoàng Diệu, đi tới khu vực giao với đường Nguyễn Tất Thành thì chuyển hướng đông nam bám sát hành lang đường Đoàn Như Hài. Tuyến đi thẳng qua khu vực cảng Nhà Rồng đến gần khu vực cầu Tân Thuận 2, tiếp tục chuyển hướng đông nam sang đường Nguyễn Văn Linh qua nút giao với đường Nguyễn Thị Thập để sang địa phận phường Tân Mỹ.
Nhằm đẩy nhanh tiến độ triển khai thực hiện dự án, thúc đẩy phát triển kinh tế xã hội của thành phố, UBND TP.HCM kiến nghị Ban Thường vụ Đảng ủy UBND xem xét, chấp thuận về mặt chủ trương. Việc xác định hướng tuyến cụ thể, sẽ được đánh giá thẩm định tại bước nghiên cứu khả thi, trước khi UBND TP quyết định.
Tuyến metro Bến Thành - Cần Giờ dài gần 53 km, tổng mức đầu tư ước tính 85.650 tỉ đồng (khoảng 3,3 tỉ USD). Đây là tuyến đường sắt tốc độ cao với thiết kế 350 km/giờ, trừ đoạn đi qua khu vực đô thị đông đúc. Giai đoạn đầu, dự án bố trí hai ga tại Bến Thành và Cần Giờ , sau đó bổ sung các ga Tân Thuận, Tân Mỹ, Nhà Bè và Bình Khánh. Dự án dự kiến khởi công tháng 12 năm nay và hoàn thành năm 2028.